Da Admiral Perry i 1853 prøvde å lage en ny handelsavtale med Japan, viste de store metallskipene hans at Japan hang langt etter Vesten når det gjelder teknologi og våpen. Noen japanere var for å åpne handelen, andre ikke.

Samtidig ble det en kamp mellom to grupper. En av dem ville beholde Shogun-styret som i effekt hadde ledet landet i de siste syv hundre årene, og den andre gruppen ville sette keiseren som øverste leder i landet.

Det ble en blodig borgerkrig i landet mellom disse tre kreftene, og det var kamper i Kyoto som var hovedstad på det tidspunktet.

En snikmorder ved navn Battousai vokste seg til å bli den sterkeste og farligste av dem alle. Men en dag, like mot slutten av borgerkrigen, forsvant Battousai fra slagmarken og ble aldri sett igjen.

Vår historie starter 10 år senere når en klønete ung mann blir mistenkt for å være Battousai, og dratt inn i livet til en livlig ung kvinne som driver sin egen sverdkampskole. Plutselig begynner det å dukke opp gamle fjes fra borgerkrigen, og landets sikkerhet står i fare.

Filmene er basert på en japansk manga ved navn "Rurouni Kenshin" som er laget av Nobuhiro Watsuki. Det ble også laget en anime.